Pada tahun 1971 struktur organisasi dan sumber daya manusia Panitia Urusan Piutang Negara (PUPN) tidak mampu menangani penyerahan piutang negara yang berasal dari kredit investasi. Berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 11 Tahun 1976 dibentuk Badan Urusan Piutang Negara (BUPN) dengan tugas mengurus penyelesaian piutang negara sebagaimana Undang-Undang Nomor 49 Prp Tahun 1960 tentang Panitia Urusan Piutang Negara, sedangkan PUPN yang merupakan panitia interdepartemental hanya menetapkan produk hukum dalam pengurusan piutang negara. Sebagai penjabaran Keppres tersebut, maka Menteri Keuangan mengeluarkan Surat Keputusan Nomor 517/MK/IV/1976 tentang susunan organisasi dan tata kerja BUPN, dimana tugas pengurusan piutang Negara dilaksanakan oleh SatuanTugas (Satgas) BUPN.
Untuk mempercepat proses pelunasan piutang negara macet, diterbitkanlah Keputusan Presiden Nomor 21 Tahun 1991 yang menggabungkan fungsi lelang dan seluruh aparatnya dari lingkungan Direktorat Jenderal Pajak ke dalam struktur organisasi BUPN, sehingga terbentuklah organisasi baru yang bernama Badan Urusan Piutang dan Lelang Negara (BUPLN). Sebagai tindak lanjut, Menteri Keuangan memutuskan bahwa tugas operasional pengurusan piutang Negara dilakukan oleh Kantor Pelayanan Pengurusan Piutang Negara (KP3N), sedangkan tugas operasional lelang dilakukan oleh Kantor Lelang Negara (KLN). Selanjutnya, berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 177 Tahun 2000 yang ditindaklanjuti dengan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 2/KMK.01/2001 tanggal 3 Januari 2001, BUPLN ditingkatkan menjadi Direktorat Jenderal Piutang dan Lelang Negara (DJPLN) yang fungsi operasionalnya dilaksanakan oleh Kantor Pengurusan Piutang dan Lelang Negara (KP2LN).
Reformasi Birokrasi di lingkungan Departemen Keuangan pada tahun 2006 menjadikan fungsi pengurusan piutang negara dan pelayanan lelang digabungkan dengan fungsi pengelolaan kekayaan negara pada Direktorat Pengelolaan Barang Milik/Kekayaan Negara (PBM/KN) Direktorat Jenderal Perbendaharaan (DJPb), sehingga berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 66 Tahun 2006 tentang Perubahan Keempat atas Peraturan Presiden Nomor 10 Tahun 2005 tentang Unit Organisasi dan Tugas Eselon I Kementerian Republik Indonesia, DJPLN berubah menjadi Direktorat Jenderal Kekayaan Negara (DJKN), dan KP2LN berganti nama menjadi Kantor Pelayanan Kekayaan Negara dan Lelang (KPKNL) dengan tambahan fungsi pelayanan di bidang kekayaan negara dan penilaian.
Penertiban Barang Milik Negara (BMN) yang terdiri dari kegiatan inventarisasi, penilaian dan pemetaan permasalahan BMN mengawali tugas DJKN dalam pengelolaan kekayaan negara, dilanjutkan dengan koreksi nilai neraca pada Laporan Keuangan Pemerintah Pusat (LKPP) dan Laporan Keuangan Kementerian/Lembaga (LKKL). Dari kegiatan ini, LKPP yang sebelumnya mendapat opini disclaimer dari BPK RI, telah meraih opini wajar dengan pengecualian. Pada periode pelaporan 2012, sebanyak 50 dari 93 kementerian/lembaga meraih opini wajar tanpa pengecualian.
Mengingat fungsi pengelolaan aset negara yang merupakan pos terbesar neraca pada LKPP, dan sebagai kontributor perkembangan perekonomian nasional, saat ini DJKN tengah melaksanakan transformasi kelembagaan sebagai bagian dari Transformasi Kelembagaan Kementerian Keuangan. Transformasi kelembagaan di DJKN ini dimaksudkan untuk meningkatkan dan mempertajam fungsi DJKN yang terkait dengan manajemen aset dan special mission pengelolaan kekayaan negara.